На дворе XXVI век, прошло 300 лет после разрушительной Великой войны, разгоревшейся между человечеством и киборгами. В те давние времена люди разработали новые кибернетические технологии, призвав на решение ежедневных проблем очеловеченные механизмы. Но киборги восстали против создателей и в ходе разрушительной войны, цивилизация была разрушена. Сейчас мир делится на две части. Избранные живут в Небесном городе, отбросы ютятся в Нижнем городе, по сути на свалке и руинах прошлого.
Однажды доктор Идо на одной из таких свалок находит останки девушки — киборга, у которой каким-то чудесным образом остался живым человеческий мозг. Ученый восстанавливает её тело и дает имя Алита. Разумная девушка — киборг в теле 14 летнего подростка ничего не помнит о себе, но владеет врожденными боевыми навыками киборгов, которыми они обладали во время Великой войны. Она начинает копаться в своем прошлом и обнаруживает в себе угрозу для современного мироздания. За ней и её друзьями начинается охота, только в силах совершенной Алиты поменять весь уклад современной жизни и спасти своих друзей от нависшей над ними опасности.